Các sản phẩm

Việc phân tích các sự kiện phosphoryl hóa trên toàn bộ hệ protein vẫn là một thách thức phân tích lớn do sự phức tạp to lớn của mạng lưới phosphoryl hóa protein.Trong nghiên cứu này, chúng tôi đánh giá tính bổ sung của Lys-N, Lys-C và trypsin liên quan đến khả năng đóng góp của chúng vào phân tích toàn cầu về phosphoproteome.Một phiên bản tinh chế của quá trình trao đổi cation mạnh có độ pH thấp đã được sử dụng để phân tách hiệu quả các peptide ở đầu N được acetyl hóa, phosphoryl hóa và không biến đổi.Tổng số 5036 phosphopeptide không dư thừa có thể được xác định với tỷ lệ phát hiện sai <1% từ 1 mg protein bằng cách sử dụng kết hợp ba loại enzyme này.Dữ liệu của chúng tôi tiết lộ rằng sự trùng lặp giữa các bộ dữ liệu phosphopeptide được tạo ra với các protease khác nhau là không đáng kể, trong khi đó, sự trùng lặp giữa hai bộ dữ liệu tryptic được tạo tương tự được tìm thấy cao hơn ít nhất 4 lần.Theo cách này, việc sử dụng song song Lys-N và trypsin cho phép tăng 72% số lượng phosphopeptide được phát hiện khi so sánh d với trypsin đơn độc, trong khi thí nghiệm sao chép trypsin chỉ dẫn đến mức tăng 25%.Do đó, khi chỉ tập trung vào dữ liệu trypsin và Lys-N, chúng tôi đã xác định được 4671 phosphopeptide không cần thiết.Phân tích sâu hơn về các vị trí được phát hiện cho thấy bộ dữ liệu Lys-N và trypsin đã được làm phong phú trong các mô típ phosphoryl hóa khác nhau đáng kể, chứng minh thêm rằng các phương pháp multiprotease rất có giá trị trong các phân tích phosphoproteome.